それは確かに変ですね。
辞書管理ツールでユーザー辞書をテキストファイルに書き出し保存しておき。そしてEGBridgeを一旦削除してから、EGBridgeを新規インストールして、ユーザー辞書も新規に作成して、保存しておいたテキストファイルから辞書データを再び読み込めば宜しいかと思います。
まぁ、OSをアップデートしたりすると環境設定がチャラにされたりしますから、再設定が必要になるし、ユーザー辞書もテキストファイルにしてバックアップしておくのが最善でしょうね。僕はそうしてませんが、、(^_^;)

僕の場合には、たとえばEGBridgeで
「この」と入力したときに
ふつうにひらがなが出てくればいいのに
「子の」という誤変換が第一候補に出てきたのです。
原因はわからないままも、ひらがなで確定して学習させればいいやと思って、そうしたのに
いつも「この」が「子の」と変換されてしまっていて、いらいらがつのりました。
メンテナンスすればいい話だとは思うのですが、やっぱり腑に落ちなかったですね。
で、ATOKが完璧かと言えば、まあちょっと怪しいところも多い。もう少し使ってみてレポートします。